夏是中国历史上第一个王朝。传说大禹治水成功后，舜把帝位禅让给禹，禹在位十年，他本打算禅位与皋陶，不料皋陶先禹而死；又决定禅位给伯益。但有记载说，禹死之后伯益主动让位给禹的儿子启；也有记载说是启杀死了伯益自己做了皇帝。看来前一说有可能是后人为粉饰启而编造的，历史的真实大概是伯益和启之间有过争夺权力的斗争，而以启胜益败告终。启终于做了皇帝，其时为公元前2070年，而且此后世代承袭帝位，上古原始公社时期的禅让制度从此彻底废除，“公天下”变成“私天下”了。
皋陶和伯益都是东夷人。伯益和启之间的斗争，未尝不可以看作是当时夷夏两大氏族集团之间的斗争。这种斗争在夏朝是始终存在的。启做了皇帝后，完全不像他的父亲禹那样勤政爱民，受人拥戴。他享乐无度，不问政事，引起了臣下强烈不满。东夷有穷氏后羿首先发难，从启的儿子太康手中夺取了政权。失了国的太康逃到同姓国斟寻和斟灌，在那里把帝位传给了弟弟中康， 康又传给了儿子相。后来后羿被亲信寒浞杀死，寒浞又杀了夏帝相。相的妻子后缗逃到了娘家有仍氏，生下儿子少康。少康长大以后，终于灭掉了寒浞，恢复了夏朝，这就是有名的“少康中兴”。上述这段历史中涉及的地方，几乎都在山东境内，如有穷氏在今德州，斟寻、斟灌在今潍坊，有仍氏在今东平（又有说在金乡）。这说明，夏王朝早期的活动中心是在黄河下游地区，大概是在“少康中兴”之后，才西迁到黄河中游的。
近年来在考古发掘中从山东省平度市岳石村发现了一种新的文化类型，被命名为岳石文化。岳石文化器物的特点和龙山文化有相似之处，又有明显的不同，例如依然是黑陶，但器物的胎壁较厚，器型笨重，和龙山文化黑陶的轻巧精致截然不同。岳石文化的器物盖上带有磨茹状的纽，普遍饰有突棱，形成了独特的造型，显得厚实耐用。岳石文化遗址还发现了青铜器。从岳石文化的内涵风格来看，研究者认为应该是东夷人在接受了中原夏文化以后所形成的一种新面貌。因此有学者称岳石文化就是“少康中兴”后的东夷文化。
今兖州境内也有不少岳石文化遗址。如栗园、胡营、马楼、大马青、桑园等。已发掘的有西吴寺的上层，出土有泥质黑陶、沙质红褐陶、石铲、石刀等，还有少量青铜制品。在东吴寺、龙湾店、安庙等龙山文化遗址出土的黑陶器物中，也发现过一些与岳石文化类似的磨光薄胎器盖，与岳石文化陶器相比，在风格和工艺上呈过渡性质。这反映了在夏代今兖州地方东夷文化和夏文化之间的融合情形。
夏朝共历13代16王400余年，于公元前1600年被商所灭。商是很早就活动于东方的部族，其发源地在今泰山以南一带。商的始祖契，据说曾辅佐大禹治水。商是十分喜欢迁徙的民族，商之得名是因为他们喜欢经商，迁徙也许是经商的需要。据记载，从契到灭夏的成汤，有过八次大迁徙；其中包括今泰安、曹县、鱼台等地。成汤灭夏后建都于毫（山东曹县），后来又曾七迁国都，第六次是从邢（河南温县）迁往奄。迁都于奄的是商的第十八位国王南庚，到第二十位国王盘庚时，又从奄迁到了殷（河南安阳）。迁殷之后，奄仍是商的东方重镇。
关于奄的地望，嘉庆《大清一统志》说是“奄里，在曲阜县城东，古奄国”。但经过历次普查，并没有在那里发现有商工的文化遗址。而今兖州境内商代文化遗址很多，有李宫、高吴桥、徐家村、陈家王子、新驿、管家口、杨庄、堌城、齐王庙、广家待等近20处。尤其是嵫山和桲椤树的商代遗址，都有相当大的规模。据胡秉华教授的看法，“这样大规模的遗址群才有可能提供寻找奄国都城故址的极其重要的线索”。也就是说，这些地方不排除是奄国故址的可能性。当然这只有在经过科学的发掘后才能证明。
商代是奴隶制进一步发展的时代。其统治区域以及经济、文化发展水平都远远超过了夏。商有着十分高超的青铜铸造工艺，有相当成熟的文字甲骨文，商后期国都的面积达20平方公里以上，建有规模宏大的宫殿和墓葬，标志十分发达的奴隶制文明。
兖州市博物馆收藏有一组商代青铜器，是重要的商代器物。
这组铜器连同两件陶器是在今兖州颜店镇李宫村出土的。包括爵、觚、卣、刀四件铜器和鬲、鬲两件陶器。卣和爵上有铭文，分别是“索册父癸”和“索父癸”。按“索”是氏族名称，“册”是受帝王册封，“父癸”是作器者的名字，以干支命名正是商工人的风尚习惯。据《左传》记载，周初时候，周成王封伯禽于鲁，曾赐给他“殷民六族”，其中就有索氏。有学者认为，这六族应是亡了国的商朝部族，入周后成了种族奴隶；也有学者认为，他们虽被赐于鲁，却仍然能“帅其宗师，辑其分族，将其丑类……使之职事于鲁”，和通常意义上的种族奴隶还是有区别的。现在发现了他们的青铜器，说明他们到鲁国后，不仅“保留了原来的宗族结构，而且当首领死后还可以用铜器殉葬，这说明他们的身份并不低”。铜器从李宫出土，也许他们随伯禽来鲁后就居住在那里，也许他们的墓地就在那里。最近又有学者提出，所谓殷民六族和赐给卫的殷民七族，大部分是手工业者，如素氏是绳工，施氏是旗工等，他们因为掌握某一技艺而世代相传，因以为氏。成王封他们职事于鲁，是要他们以其技艺服务于鲁。实际上他们是在商王朝时候就殖民到东方来了，并非分封时现从王畿迁来。不管有怎样不同的看法，索氏器的发现，对研究商周历史都有重要意义。
商王朝后来被周灭掉。周是发源于西北关中地区的部族，对农业发展很有贡献，始祖弃因此被尊奉为农神，称后稷。传衍到古公亶父的时代，已经具有了国家的规模，势力逐渐强大。古公亶 父之孙姬昌（周文王）时，商帝纣暴虐无道，引起天下的怨怒，姬昌之子姬发（周武王）乃兴兵伐商，经过著名的牧野之战，大获全胜，建立了周朝。时为公元前1046年。
周的活动中心一直是在西北。周建国之初，远在东方的商的残余势力及其盟友淮夷诸部都不甘心臣服，时常发生动乱。周武王死后，成王即位。武王的同母弟周公曾经率大军东征镇抚。当时最重要的战役是在奄地进行的，历时三年才结束，史称“周公践奄”。今兖州一带自然处于战场之内。
周为了加强对东方的统治力量，封周公于鲁，建都曲阜；封太公（姜尚）于齐，建都临淄。这是对今天山东地区有着极为深远影响的历史事件。
周公封鲁后，因成王年幼必须由他辅佐，便由儿子伯禽到曲阜建国。成王赐给伯禽只有天子才能使用的车辆旗帜和贵重礼器，明显地十分优待。伯禽到鲁后，大力地推行西周的礼乐制度，使这里成为保存西周礼制传统最丰厚的地方。伯禽治鲁和太公治齐的方针迥然不同。太公主要是抓经济的发展，不太注意意识形态，他“因其俗、简其礼”，“通工商之业、便渔盐之利”（《史记·齐太公世家》）；而伯禽则以极大精力抓意识形态：“变其俗、革其礼，丧三年然后除之”（《史记·鲁周公世家》）。在政治和用人的路线上，齐是“举贤而上功”，即任人唯贤，崇尚功业；鲁则是“尊尊而亲亲”，强调宗法等级制度和血缘关系。据记载，三年之后伯禽和太公到京城报政，周公听到他们各自的回报后，叹道：“呜呼，鲁后世其北面事齐矣！”意识是鲁的后世要败到齐人手里了。后来的发展果然如此。
伯禽和太公时为什么走不同的建国路线，这有复杂的原因和背景，此处不拟探讨；并且，此后所形成的齐文化和鲁文化的种种差异也不宜简单的仅从经济发展的角度判定其优劣。事实是，三千年来，齐文化和鲁文化一直是在相互的碰撞、融合和互补中共同发展着的。作为现代人，应该理性地认识各自特点，既不妄自尊大，也不妄自菲薄，而是弃其糟粕，取其精华为今天所用，比如前面所提到的鲁文化中的端信精神。
周朝约800年的历史分为前后两期。前期以镐京（今西安附近）为中心，史称西朝；周平王时东迁到洛邑（今洛阳附近），史称东周。东迁99年之后又称春秋时期，这是因为孔子整理的鲁国编年史《春秋》所记是这段时期的历史。春秋及其以后，各诸侯国之间的兼并越来越严重，据说西周时有1800余国，到春秋时只剩下100多个，在政局中起作用的只有十几个；而春秋之后的战国时代，就只有齐、楚、燕、韩、赵、魏、秦七个大国和一些小国了。那是一个极为动荡的年代。
西周宣王时候有卿士仲山甫，是鲁献公的次子。他因辅佐王室有功，封为樊侯，是著名的贤臣。《诗经·大雅·烝民》就是颂扬仲山甫的功德的。仲山甫的樊国在什么地方，历史记载众说纷纭，近来有学者通过分析，认为其地实在今兖州境内。就是今城西南二十五里黄屯镇的堌城村。汉代在那里设樊县，应是沿袭樊国而来。
文物普查所发现的周代文化遗址，在兖州有十几处。除堌城外，还有大青马、桲椤树（上层）、竹亭、陈家王子、薛庙、姜高村等，征集到过一批陶器、青铜器等器物或标本。在西吴寺遗址发掘中，于其上层发现了周代的祭祀坑，出土有完整的牛和猪的骨架，还发现了五处隧道。其中的一条隧道长50多米，呈S型走向，内有十多个出口，有的从地面挖成竖井，有的沿台阶而下进入地下的厅室，还有的利用水井的水面以上部分，安排有分岔和盲洞。这些隧道的结构如此复杂，大概与战争有关。在出土的器物中，大部分是兵器，有铜矛、铜刀和大量的铜箭镞。这似乎意味着，在列国纷争的局势下，今西吴寺地方有可能是屏障着鲁国首都的有强烈军事色彩的居民区。
春秋战国是战火纷飞的年代，史书所记载的一些战争，也有的与今兖州有关。《春秋》庄公十年的长勺之战，由著名军事家曹刿指挥，大败齐军，取得胜利。长勺在今曲阜城北。市博物馆今藏有一件铜戈，上有“监止”二字铭文。据考证监止是齐国大臣的名字，有人认为有可能是那次战役的战利品。长勺之战后，鲁庄公又在乘丘地方打败了宋国的军队。《左传》记载，公元前684年夏天，齐国联合宋国共同攻鲁。齐宋部队驻扎于曲阜近郊的朗邑，鲁大夫公子偃骑着蒙着虎皮的战马，从雩门冲出，向宋军杀去。鲁庄公随即率领大军掩杀过来。宋军大败而退到了乘丘地方。鲁庄公以一种叫做金仆姑的箭，射中了宋国的大夫南宫长万，庄公战车的副手颛孙生乘机把其少捉，鲁国取得大胜。这个乘丘，据《括地志》载，在“瑕丘县西北三十五里”，其地应在今新驿镇顿村南。《水经注》记：洸水“经泰山宁阳县故西……又西南，经泰山郡乘丘县故城东……”今顿村南尚有古城墙遗址，与所记的位置正相符合。看来，乘丘在当时是有相当战略地位的城邑。后来到战国时代，魏、韩、赵三国军队南下伐楚，也是在乘丘会师的。
今兖州的邻县邹城市，春秋时为邾国。邾与鲁为邻，却被鲁人视为夷人，说明早在鲁就封之前就是此地古老方国。邾之国境向西达以今济宁一带，今兖州地也有可能部分曾属于邾。现博物馆藏有一个带“邾”字铭文的铜戈。邾是小国，鲁曾多次侵邾。鲁哀公七年（前488），鲁出师伐邾，一举攻下了邾之国都，俘虏了邾的国君益，并“囚诸负瑕”。负瑕就是瑕丘。现在兖州市有一个乡镇叫王因，有人说王因原本叫王囚，是因为古代曾有一个国王在此被囚，后来才因“囚”字不吉，改为王因的。这个传说似乎就印证了邾君益被囚于瑕丘的史实。（选自樊英民著《兖州史话》）