清承明制，兖州仍为辖有四州二十三县的府治所在。只是到了雍正以后，沂、曹、济宁、东平等相继划出，兖州府的辖区较前缩小，但仍领有滋阳、曲阜、泗水、滕、峄、汶上、宁阳、阳谷和寿张十县。而且在军事上的战略地位并未稍减，兖州镇总兵所辖共有十四营，其中中营、右营、沙沟营、台庄营、寿张营、梁山营在兖州府的辖区之内；另有临清、沂州、德州、曹州、泰安、高唐、东昌、范县八营均在兖州府辖境之外。《滋阳县志》称：“国初，兖州旧设参将一员，带领守备一员，千总二员，把总四员，驻兵把守；迨雍正初，特设专阃大员，屹为重镇，视昔增威焉。”
兖州镇总兵衙门是当时兖州诸衙门中级别最高者。衙门位于城东北隅今共青团路东段邮电局路北一带。门侧有碑，镌“京国长城”；又有匾额，书“岱南锁钥”，这都道出了兖州的战略地位。据说历任的兖州总镇一职都是由皇帝钦派的，赴任前也照例要面见皇帝请训；遇有重大军情，他可以专折奏闻，并不必经过山东巡抚。咸丰时，清廷为镇压捻军，兖州曾是重要的作战指挥中心；清末，慈禧太后曾以手书“寿”字赐兖州镇总兵田恩来，以示恩宠。田将此字刻石，现藏在博物馆。甚至到清亡之后，张勋驻兵兖州，还曾在这里策划其复辟阴谋。这都足以说明此地的重要，实为兵家必争之地。
康熙十二年（1673），吴三桂在云南叛清。朝廷派大军前往征讨，又在兖州和太原两地驻重兵以备调遣。驻军在三年后才撤走。这次驻军和撤军，《清史稿》都有记载，足见事体重大。现存一篇题为《孙先生传》的文章中说，这次驻军占用了兖州民房四百余户，毁坏千余间。要知道当时距清兵屠城才三十年，城内能有多少房子，驻军给百姓生活带来的影响可以想见。过了许多年之后，损毁房屋的赔偿问题都未能妥善解决。后来有一位急公好义的孙毓茂老人，冒着杀头危险在康熙帝南巡时拦舆告状，才总算得到一点赔偿。
清代兖州有镇台、道台、府、县等各级衙门十几个。其中镇台即前述的兖州镇总兵；道台即兖沂曹济道，衙门在今西南城区老酒厂；府衙门在今城西北隅九州大道西端路北的东方园；府衙后边直到城西北角是府学、文庙；县衙在今中御桥南路西六中以西，六中即县文庙、县学旧址。在清代二百多年中，难以数计的官员像走马灯似的在各衙门任职，其中也不乏一些著名人物。如康熙时名臣张鹏翮，曾任兖州知府，创建了东鲁、文在两个书院，后升任山东河道总督，赈济康熙四十二年（1740）的大灾荒，颇有善政。嘉庆时名学者孙星衍，曾任兖沂曹济道员，在兖州写下了金石学名著《寰宇访碑录》。道光时名学者李心田，亦曾任兖沂曹济道，捐赀修了东鲁书院。嘉庆时滋阳知县冯云鹓，和其兄冯云鹏合编《金石索》一书，至今为研究者必备。甚至一些官员的幕僚也颇有可述者。光绪时出现的《红楼圆梦》，自叙落款云“兖州镇署百甓轩”，其人即甘肃人秦子忱，尝作幕于兖州都司；清末很有影响的小说《春雨秋灯录》，作者宣鼎曾在滋阳县衙门为幕僚，书即写于其时。这些，都足见兖州文风亦盛。
下边介绍一些清代兖州的官吏。
宋文运 字开之，河北南宫人，进士，顺治八年（1651）起任滋阳知县。当时战乱初过，百业凋零，人民流亡。他在组织恢复生产、发展文教等方面卓有政绩。贾凫西曾赠他诗，有“旧谷今春贱，新霖此地偏；汶阳遗野老，争说使君贤”句，可见是深得民心的。而他最为人称道的是“善折狱”，即审理刑事案件。当时有一个单县人在兖州被人杀死，有两人被怀疑是凶手，但多次审读都坚不承认，以致拖延年余不能结案。兖州知府素闻宋文运的精明，便委托他审讯。他把两人召至大堂，当众把一根苇杆折成相等的四段，以两段分别付给两人，另两段交衙役收起，然后对他们说，“人命关天，你们可以欺骗人间的官员，却骗不了天上的神灵。给你们的苇杆你们要收好，明天早上当堂验看，一定有一根变长，那就是神灵指示出来的杀人凶手！”次日验看时，发现有一人手持的苇杆短了一大截。宋文运说：“你就是凶手！苇杆怎么会自己变短呢？一定是你做贼心虚，自己弄短了的！”刑讯之下，终于招供。这个富于传奇色彩的故事，说明他善于利用当事人的心理。因为他这方面的专长，后来被擢升进京，任了刑部主事，又升刑部侍郎，加太子少保，死后谥端悫，成为一代名臣。
方永澄 字衍泗，河南封丘人，进士，康熙三十四年（1695）起任滋阳知县。他的特点是不务虚名，不好大喜功，而是脚踏实地，“均徭役，平讼争，与民休息”，在稳健与低调中扎实地培养社会经济发展的后劲。但他对吏治的整顿不遗余力，对贪污受贿、欺压百姓的黠吏猾胥处理起来绝不手软。他在任时适逢大军过境，经办了很多财粮军需供应，他尽量不给百姓增加额外负担。又把衙门里多年存在的种种侵渔百姓的苛捐杂税、陈规陋习统统革除，立碑永禁。他的励精图治，是清前期整个社会安定，正气上升，政治清明，经济发展的一个缩影。他本人也因政绩突出而被擢升，临行时百姓自发地“攀辕留靴”，建祠立碑，表现了对他深厚的感情。
金一凤 字紫庭，别号子翁，浙江山阴人，康熙末年任兖州知府，他到兖任职之前曾任陕西户部清吏司郎中，又曾在四川的眉州、山东的海阳等地任职，皆有惠政。在兖的政绩现所知主要表现在建设方面，如他主持修复了被洪水冲毁的泗河南大桥，又“铸铁剑长三丈，树中洞外以镇之”，就是近年出土名闻遐迩的“天下第一剑”。他还修了毁于地震的兴隆塔，重建杜甫登临过的南楼，重修过金口坝，疏浚过府河。府衙前府河中有“金公泉”，是因他而命名。又修了城西二十里铺的苍龙桥，还主持续修了《兖州府志》，等等。他曾以“大计卓异”即考核时成绩优等而获得了进京接受皇帝召见的殊荣。
夏晓春 字鹤泉，江苏高邮人，举人，乾隆三十五年（1770）起任滋阳知县。当时旱蝗灾害严重，县志记他“虔诚祷雨，立霈；复躬率捕蝗，并蝻孽悉亡，岁乃大稔”。祷雨立霈自然是神话，亲率捕蝗就很难得。他曾写有五言诗《捕蝗》和四言诗《捕蝻十一章》（蝻是蝗的幼虫），详尽地描写了捕蝗蝻的过程和办法，应是治蝗史上有价值的文献。乾隆三十六年（1771），泗河洪水暴发，兖州城危在旦夕，他率众冒雨在大堤上指挥抢险，终保无虞。境内的洸河和汉马河一到汛期便常发水，主要的原因是一些地方恶势力只顾自己利益，在河床里乱筑堤防，影响行洪，受害者敢怒而不敢言。夏晓春侦知内情后，出了限期整改的告示，但无人理会；于是他下令录捕了为首数人，又派人把乱筑的堤坝挖掉，多年积弊一旦除去，百姓称快。他又是一个很有文采的县令，县志艺文志录其作品十几首，多质朴生动。写陋地颜庙一首中，提出“古人重恒心，必先有恒产；惟士必有田，养我父母妻子以此赡。今之兔园子，拓地未一弓；生计不能理，糊口四方中；廉耻日以丧，智巧日以穷，安得先王限田法，大庇天下寒士昌儒风”。可看作是站在穷苦读书人立场上的呼吁。
冯云鹓 字集轩，南通人，进士，嘉庆二十一年（1816）起任滋阳知县。他十分重视兴修水利，发展农业生产，主持了樱桃园、金口坝等工程。他有一次到嵫山去，见当地人采石烧灰，对兖州这一唯一的山造成破坏，于是明令禁止，又捐赀在山上广种树木，立碑永禁樵采。在《禁嵫山采石》的告示中指出，嵫山上的树木绿化，对于一个县的“文脉”和“兴云致雨”、“世泰年丰”都有重要意义。这种看法，已经接触到了人类和自然生态环境之间的关系问题，是较早的保护自然生态的文献。由于冯云鹓的保护，嵫山在此后的二百余年中树木葱翠，风景优美，成为兖州一大名胜。他又很重视文教，在东门外建了青莲阁以纪念李白，又经常和一些文人学士吟酒赋诗，诗文高会，使滋阳文化气氛十分浓郁，造就了一批人才。
莫 炽 字以南，广西荔浦人，进士，咸丰时任滋阳知县。那时正值南有太平军、北有捻军起义，社会不宁，灾荒相继，民不聊生。他锐意整顿吏治，推行保甲团练制度，保证了社会秩序的相对稳定。又开仓平粜粮食，抑制物价；设粥厂救济饥民，又搞以工代赈的生产自救，使天灾人祸造成的危害减到最低限度。他见县志年久未修，文献散佚，便收集资料，组织人员编写县志十二卷。他为官清廉，67岁病死兖州后，家贫无力归葬故乡，只得暂时浮厝于城北小安，后来才正式葬于城西。他有诗集数卷，去世后由孙婿黄逊斋出资刊印。
徐赓熙 字旭川，光绪二十六年（1900）起任知县。他是一个十分关心国计民生的地方官。上任伊始，考察民情，看到滋阳丝织业有悠久的历史，是百姓重要的财源，然而技术落后，原料匮乏，使发展后劲受到影响。于是他大力提倡植桑养蚕，发展织机，使清末滋阳丝织的产量形成了历史上一个高峰。徐赓熙还编撰了一部《蚕桑辑要略编》，对植桑养蚕的源流、技术等进行了总结探讨，用以指导滋阳蚕桑丝织事业。他的好友曲阜知县向植为该书作序，指出他“拳拳为滋民计久远”，即考虑到了滋阳经济的长期可持续发展，确实是难能可贵的。（选自樊英民著《兖州史话》）