兖州区疾病预防控制中心隶属于兖州区卫生局，是行使政府防病职能的卫生事业单位，承担着全区的疾病预防与控制，疫情报告与管理，健康教育与促进，技术应用与指导，健康危害因素监测与控制、实验室检测分析与评价、以及突发公共卫生事件应急处置等政府赋予县级疾控机构的7大职能，25个类别、78大项、266个小项的工作任务。疾控中心现有职工66人，其中专业技术人员55人，高级职称人员10人，中级职称28人，初级职称17人。设有传染病防制科、免疫规划管理科、卫生监测科、健康教育科、检验科、预防接种门诊、健康检查门诊7个业务科室和行政管理、质量控制等4个职能科室。区疾控中心占地面积5400平方米，现有办公用房17O0平方米，其中实验室用房9OO平方米。固定资产652万元，检验、监测仪器总价值312万元，其中万元以上的仪器设备27件，检验仪器设备配置居全省县级疾控中心领先地位。疾控中心先后取得了预防性健康查体资质、艾滋病初筛资质、职业病危害因素检测评价资质和职业健康检查资质，可为公共服务从业人员、职业危害场所从业人员提供健康检查技术服务，为高危人群提供艾滋病初筛检查服务，为职业危害场所提供检测与评价服务；中心实验室先后通过了省级计量认定评审复审和监督评审，可开展食品、水质、公共场所、职业危害因素、消毒产品、生物材料等105个类别，1089个卫生标准项目的检测检验与评价工作，综合能力跻身于全省县(区)级疾控机构先进行列。

疾控中心全体职工在区委、区政府及区卫生局的领导下，认真贯彻落实科学发展观，深入开展创先争优活动，坚持把维护群众的健康权益作为工作的出发点和落脚点，充分发挥党和政府重视民生、落实  “全心全意为人民服务"宗旨的桥梁和纽带作用。紧紧围绕“维护人民身体健康"这一工作宗旨，恪尽职守，扎实工作，有效控制了甲型H1N1流感、手足口病、流腮、麻疹、艾滋病、结核病、病毒性肺炎等重点传染病疫情，取得了传染病发病率由257.44／10万降至175.71／10万，下降了31．75％的好成绩，保护了全区人民的身体健康和生命安全，促进了我区的经济发展和社会稳定。疾控中心先后被山东省卫生厅授予“全省丝虫病防治先进集体”和“医学科普工作先进集体"、济宁市人民政府授予“全市手足口病防治工作先进集体"、济宁市卫生局授予“全市艾滋病防治工作先进集体”和“农村饮水安全工程卫生检测工作先进单位”、济宁市疾控中心授予“全市免疫规划工作先进集体”、兖州区妇女联合会授予接种门诊“巾帼文明岗”等荣誉称号。